Die zweite Blütezeit war das Mittelalter, genau genommen vom 12. Jahrhundert bis zum 15. Jahrhundert. Während dieser 3 Jahrhunderte war Aquitanien unter der Herrschaft der Könige von England. Nämlich heiratete die Herzogin von Aquitanien, Eleonore von Aquitanien, den König von England, Heirich den zweiten im Jahre 1152. Diese Heirat machte Aquitanien zu englischem Lehen. Eleonore trank aquitanischer Wein gern, also begann die Edelleute auch aquitanischen Wein zu trinken. Viel aquitanischer Wein wurde dann zu England exportiert. Dank diesen Exporten wurde Bordeaux sehr erfolgreich. Es gab einen großen Markt und viele reiche Händler. Aber dieser Markt war außerhalb der antiken Mauer und 1206 stürmte König Alfons 8. von Kastilien Bordeaux. Seine Armee zerstörte den Markt und das Stadtviertel, wo die reiche Händler wohnte. Deshalb wurde die zweite Festung von Bordeaux errichtet, und dieses Stadtviertel zu schützen.

Das eizige verbleibende Tor dieser Festung ist das Grosse Cloche, die große Glocke.  (Quelle)

Im 14. Jahrhundert wurde eine andere Stadtmauer errichtet.

Das eizige verbleibende Tor dieser Festung ist das Porte Cailhau, das Tor Cailhau. (Quelle)

Im 14. und 15. fand der Hundertjährige Krieg statt, zwischen Frankreich und England. 1453 endete dieser Krieg an der Schlacht bei Castillon, etwa 50 Kilometer weit von Bordeaux. 1453 fiel Aquitanien, und Bordeaux, endgültig an Frankreich zurück. Die Rückkehr nach Frankreich wurde von den Bürgern keineswegs begrüßt, da hierdurch die alten Absatzmärkte in England fortfielen. Um Bordeleser Revolten zu unterdrücken ließ König Karl VII. zwei große Festungen bauen, im Norden das Château Trompette und im Westen das Château du Hâ. Nämlich gab es viele Revolten gegen die Autorität der Könige von Frankreich in Bordeaux nach dem Ende des Hundertjärigen Krieges, und bis zum Anfang des 17. Jahrhunderts.